はてぶ・Qiita・Zennのトレンド記事を紹介
CELLxGENE Census、Tabula Sapiensを活用したシングルセルRNAデータ解析チュートリアル
ヒト細胞アトラス「Tabula Sapiens」の膨大なデータをコマンドラインで効率的に解析!CELLxGENE Censusを使い、特定の遺伝子発現をPythonで可視化する手順を解説します。
研究に役立つ!enrichplotでGO解析を視覚化する方法【其の弐】
GO解析結果の可視化について実践的に解説します。enrichplotを用いて、RNAseq由来の遺伝子セットに対するエンリッチメント解析を多彩な図で表現。エラー対応や再現性の工夫も交え、研究者が自分の環境で再現できるよう丁寧に紹介しています。
RNA-seq解析の基礎:有効なケース、全体の流れと主要ツール【BI入門⑥】
RNA-seq解析の有効なケース、メリット・デメリット、データ取得から機能解析までの全体像を解説。適切なツールと解析環境の重要性も示し、RNA-seq解析の基礎を網羅的に理解できます。
研究に役立つ!enrichplotでGO解析を視覚化する方法【其の壱】
GO解析結果の可視化について実践的に解説します。RNAseqデータから得られた遺伝子セットに対するエンリッチメント解析の基本から、DOSE・enrichplotパッケージを用いたRでの可視化手法まで、コマンドの意味やデータ構造の確認を丁寧に紹介。研究者が自分のデータで再現できるよ
【AWS】Linux コマンドで S3 を直接操作!Mountpoint for Amazon S3 の使い方
こんにちは、受託コンサルティングチームの hosor です。 Mountpoint for Amazon S3 は、Amazon S3 バケットを、Linux 上のディレクトリのように扱うことができるツールです。 通常、S3 とのファイルのやり取りは AWS CLI などの専用コ
PythonとPandas:表形式データの強力な操作術【BI入門⑤】
PythonのPandasライブラリで表形式データを効率的に操作する方法として、データ読み込み、表示、統計量取得など、データ解析の基礎を解説します。
私が読んだバイオインフォマティクス技術書レビュー【R、番外編】
R関連の技術書を実体験を交えて紹介します。初学者向けから中級者向けまで、Rの基本操作やtidyverse、データサイエンスの実践的な内容を網羅。学習スタイルやコマンド実行の工夫にも触れ、読者が自分に合った方法で継続できるよう丁寧にまとめています。
【効率化】知っていると便利な Linux コマンド集 10 選【バイオインフォマティクス】
バイオインフォマティクスで便利な Linux コマンド 10 選。ファイル破損確認、圧縮ファイル閲覧、バックグラウンド実行など、作業効率化のコツを紹介します。
Python入門:Windows上でのPython・Jupyter実行環境構築【BI入門④】
Windows上でのPythonとJupyter Notebookのセットアップや、BioPythonを導入してFASTA形式の塩基配列データを読み込む基本的な方法を解説します。
空間的遺伝子発現解析のうち、シーケンスベースの代表的なプラットフォーム (Visium, Visium HD, Stereo-seq) を解説します。
私が読んだバイオインフォマティクス技術書レビュー【Linux、Python編】
バイオインフォマティクスに役立つ技術書を実体験を交えて紹介します。LinuxやPythonの基礎から応用まで、初心者向けの書籍を中心にコメント付きで解説。言語選びや学習のコツも添え、気軽に学び続ける姿勢の大切さを伝えています。
空間的遺伝子発現解析は、組織内のどこで、どの遺伝子が機能しているかを明らかにする技術です。本記事では、その基本的な概念から、Visium や Xenium などを含めたプラットフォームの概要を説明します。
統計解析ソフトRでのデータハンドリング(データ取得、Rへの読み込み)から、Bioconductorのインストール方法まで解説します。
airwayデータでGSEA解析やってみた:ORAとの違いも解説【後編】
本記事では、前編で準備したairwayデータを用いて、**ORA(Over-Representation Analysis)とGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)**の実行例と可視化方法を紹介しています。RのclusterProfilerパッケージ
統計解析ソフトRでのデータ操作と可視化を解説。関数電卓としての利用や、散布図・ヒストグラム作成の基礎を解説します。
airwayデータでGSEA解析やってみた:ORAとの違いも解説【前編】
本記事では、R環境でのGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)解析の実践的な流れを、airwayパッケージの公開データを用いて丁寧に解説しています。ヒト気道平滑筋細胞に対するステロイド処理の有無による発現変動をDESeq2で解析し、その結果をもとにエン
Pythonの統合開発環境JupyterLabのご紹介!
知らないと損する!肥大化したWSL2のディスク容量を解放し、Docker環境をクリーンに保つベストプラクティス 🔖 1
WindowsのWSL2(Windows Subsystem for Linux 2)とDockerを使用する人が直面しがちな「Cドライブの容量が突然ゼロになる」問題について、その原因と具体的な解決策を解説
バイオインフォマティクスを独学で学ぶ方に向け、統計解析ソフトRの各OSでの動作や実行環境の選び方、Rの基本をご紹介します。
仮想環境とは?仮想環境の利点、dockerの紹介と導入方法のご紹介
WindowsでLinux環境を作る:WSL2の導入【ドライ解析への大きな一歩】
Windows PC上にLinux の仮想環境を作る WSL2(Windows Subsystem for Linux version 2)の導入方法をご紹介します!
Seuratを用いたシングルセル解析の可視化における凡例の操作方法についてご紹介!
シングルセル解析におけるクオリティコントロール (QC) の基本的な概念を解説!
2025年度入社kazsakの自己紹介
バイオインフォマティクスで迷わない!R と Python の選び方
R と Python の選び方について、現役のバイオインフォマティシャンが解説!
Rパッケージ venn.diagram を用いて2円のベン図を描画する際の注意点をご紹介します。
ターミナル操作で便利なツールtmuxのご紹介
2022年に入社したynukiの自己紹介文
2023年に新卒入社した hosor の自己紹介